Oι κύριοι σκοποί λειτουργίας της E.Ψ.Y.Π.E. είναι: 

-Η προαγωγή της πρόληψης μέσω της ανάπτυξης δραστηριοτήτων αγωγής υγείας της κοινότητας και άλλων κατάλληλων προγραμμάτων. 

-Η παροχή φροντίδας μέσω της οργάνωσης και λειτουργίας σύγχρονων υπηρεσιών (διάγνωσης, θεραπείας και ψυχοκοινωνικής αποκατάστασης) στην κοινότητα. 

-Η προώθηση της ευαισθητοποίησης και της εκπαίδευσης επαγγελματιών υγείας και ψυχικής υγείας μέσω της εφαρμογής ειδικών εκπαιδευτικών προγραμμάτων. 

-Η ανάπτυξη της έρευνας σε εθνικό και διακρατικό επίπεδο. 

-Η δημιουργία δικτύων για την ψυχική υγεία μέσω της συνεργασίας με εθνικούς και διεθνείς οργανισμούς, εκπαιδευτικά ιδρύματα, ερευνητικά κέντρα και επιστημονικές ομάδες. 

-Η ενημέρωση του ευρύτερου κοινού, των αρμόδιων φορέων και των ειδικών για τις σύγχρονες εξελίξεις στον τομέα της ψυχικής υγείας του παιδιού και του εφήβου, μέσω της δημιουργίας και παραγωγής εντύπων, περιοδικών, βιβλίων, ταινιών, κ.ά. 

-Η ενεργοποίηση και ανάπτυξη του εθελοντισμού. 

-Η υποστήριξη των ατομικών και κοινωνικών δικαιωμάτων των ανθρώπων με προβλήματα ψυχικής υγείας και των οικογενειών τους καθώς και η προώθηση της συμμετοχής τους στα θέματα που τους αφορούν .